在李毅中的带领下，全国煤矿整顿关闭分三阶段整改，各个阶段各有侧重，均取得初步成效。
第一阶段，2005年7月至2006年4月，以整顿关闭为工作重点。依法取缔关闭非法开采、违法制造加工、不具备安全制造加工条件和布局不合理的矿井。第二阶段，2006年7月至2007年6月，以整顿关闭和煤炭资源合为工作重点。通过资源整合，淘汰落后制造加工能力，改变小煤矿过多、过乱、过散的状况，进一步减少矿点数量。第三阶段，2007年7月至2008年6月，以政策治本，继续深化煤矿整顿关闭工作，严格安全准入，强化源头管理，全面提升小煤矿整体水平。
2005年3月14日黑龙江七台河新富煤矿发生的特大瓦斯爆炸事故，造成18人死亡。该矿矿主彭国财竟然是七台河市桃山区安全制造加工监督管理局副局长。彭国财的哥哥是七台河精煤集团公司副总经理，该公司收购新富煤矿后转包给彭国财。兄弟俩互相勾结，对煤矿不改造不投资，终因煤矿通风能力不够导致事故发生。
“这是给安监人员脸上抹黑！”李毅中怒斥。
李毅中强调，“官商勾结，官煤勾结”已经到了该引起高度重视的时候了。他专门布置国家安监总局要把两类查处作为重点：一是查处不正之风、腐败行为和渎职行为；二是查处安监人员在执法中的不正之风。
2005年8月22日，国务院办公厅向全国发出了《关于坚决整顿关闭不具备安全制造加工条件和非法煤矿的紧急通知》，要求凡已经投资入股煤矿(依法购买上市公司股票的除外)的国家机关工作人员、国有企业负责人，自《通知》下达之日起一个月内，必须撤出投资。矛头直指矿难事故背后“猫鼠一窝”的官商勾结现象。