LED生物荧光显微镜是目前在光镜水平对特异蛋白质等生物大分子定性.研究的好有力工具之一。荧光显微镜技术主要是用于检测细胞上的特异荧光材料，与普通光学显微镜不同的是荧光显微镜增加了两套滤光片。好套称为激发光滤片，装在光源和样品之间，只有那些能激发荧光材料发光的特定波长的光才能通过。第二套称为阻断滤片，装在物镜和目镜之间，只让燃料所发出的荧光通过。在黑暗背景的衬托下，发出荧光的样品很容易被观察。
荧光显微镜技术包括免疫荧光技术和荧光素直接标记技术。例如，将标记荧光素的纯化肌动蛋白显微注射入培养细胞中，可以看到肌动蛋白分子组装成肌动蛋白纤维。可将产生荧光的绿色荧光蛋白(greenfluorescent，GFP)基因与某种蛋白质基因融合，在表达这种融合蛋白的细胞中，便可直接在活体状态下观察到该蛋白在活细胞内的动态变化。不同荧光素的激发波长范围不同，所以同一样品可以用两种以上的荧光素标记，同时显示不同成分在细胞中的.。
LED生物荧光显微镜多采用200W的超高压汞灯作光源，它是用石英玻璃制作，中间呈球形，内充一定数量的汞，工作时由两个电极间放电，引起水银蒸发，球内气压迅速升高，当水银*蒸发时，达到50～70个标准大气压力，这一过程一般约需5～15min。
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