2.微生物过程好氧发酵的微生物过程大致可分为三个阶段，每个阶段都有自己独特的微生物群：
3.加热阶段中温阶段、加热阶段在发酵的初始阶段通常1-3天,堆肥堆中的嗜热微生物使用可溶性和可生物降解的有机物质作为营养和能量的来源,快速繁殖并释放热能,从而使堆肥堆的温度持续升高,在这个阶段,当温度在室温和45℃之间时,微生物主要是中等和需氧的，通常是一些非孢子细菌。微生物种类很多，主要是细菌、真菌和放线菌。其中，细菌主要使用水溶性单糖，而放线菌和真菌具有分解纤维素和半纤维素的特殊功能。
3. 高温阶段当堆肥堆的温度升至45℃以上时,它将进入高温阶段,一般情况下,发酵开始后2-3天内堆肥温度可升至55℃，一周内堆料温度可达到较高值（高温可达80℃,嗜热微生物受到抑制,并逐渐被嗜热微生物所取代,除了前一阶段剩余和新形成的可溶性有机物外,半纤维素、纤维素、蛋白质和其他复杂有机物也开始强烈分解。
4.在50℃左右嗜热真菌和放线菌主要活跃,当温度升至60℃时,真菌的活动几乎停止,只有嗜热放线菌和细菌活跃,当温度升至70℃以上时,大多数嗜热微生物都不适合,大量微生物死亡或进入休眠状态,此时产生的热量减少,烟囱的温度自动下降,当烟囱的温度降至70℃以下时,休眠的嗜热微生物将恢复活动,继续分解难降解有机物,热量将再次增加,因此烟囱的温度将处于自然调节和延长的高温期。
5.温度变化,一般情况下,堆肥堆经过高温阶段后,温度会逐渐降低,当发酵达到成熟时,堆栈温度将低于40℃,有机质和挥发性固体含量的变化,随着发酵的进行,发酵过程中的有机质和挥发固体含量呈持续下降趋势,达到基本稳定,当它成熟时,它可以减少15-30%,然而这种变化趋势受到原材料来源的极大影响,仅仅用它来衡量发酵是否腐烂是不够的。
6.氮、碳氮比和无机氮形态的变化,在发酵过程中,一些有机碳会被氧化成CO2并挥发,堆肥质量会降低,由于氮的损失主要是在有机氮的氨化阶段,少量的氨氮会挥发远低于有机碳的损失,发酵和分解后,发酵中的总氮含量趋于增加,而C/N比继续下降,直到稳定,一些研究表明，当堆肥的C/N比从25~35:1降至20:1以下时，堆肥将达到稳定状态。
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