１、将更有效发挥对医疗费用的调控作用
克服了原有定额结算办法主要依据医院的综合平均费用按住院人次进行结算的“大锅饭”弊端，有效控制医疗费用。引入病种分值，并根据协议医疗机构等级、医疗费用差异等作为病种分值权重分配系数，更为合理地分配基金。同时，设立了“结余奖励，超额分担”机制，进一步发挥结算支付的调控导向作用。
2、将更科学地管理医保基金运转
明确协议医疗机构应按规定对疾病进行分类编码。探索推行在月结之前通过信息系统实时、准实时监控定点医疗机构医疗费用，规划医保支付结算信息系统建设。通过积极推行信息化管理，监控不合理支出，缩短医保结算周期，在系统上保障、优化、促进整个医保结算方式的改革，更好地保障医保基金可持续运行。
3、将更有利于医疗服务质量的提升
《结算办法》建立了病种库，为病种赋予分值，各分值体现不同疾病、不同诊治方式医疗费用之间的比例关系，实行同病同治同分值结算，从制度设计上避免了个别医疗机构选择性收治病人或过度治疗的不良行为。激发医疗机构加强内部管理，鼓励医务人员规范提供诊疗服务，促进医疗服务质量与基金使用效率双提升，从而进一步发挥医疗保险保障能力。
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