(1)需要培训技术人员。人工授精需要有专门的、熟练的技术人员才能达到满意的效果，任何一个环节的疏忽都会影响繁殖成绩。
(2)长期保存稀释精液有一定的难度。现在好好的猪常温保存液仅能保存7天左右，冷冻保存技术还有待进一步研究才能在生产中应用。
(3)增加实验室设备和试剂成本，必须具备常用的设备如显微镜、消毒设施、各种器皿及试剂。
(4)如果使用感染了疾病公猪的精液，疾病传播的速度要比自然交配方式快得多，这是由于许多疾病可以通过精液传染，人工授精配种的母猪数量比自然交配要大得多，如果某头公猪染病而监测不力，就可能造成疾病的迅速扩散。
