1、对于《会计法》代理记账的宣传力度不够，会造成许多小型经济组织、代理记账特别是广大的个体工商户，对于代理记账，认识的不足，理解的不够透彻。
2、对于“代理记账”的措施不是很得力。
当前对于应委托代理记账的小型经济组织和应当建账的个体工商户而言，主要存在两方面的问题，一是应当建账而不建账的现象十分普遍，二是许多“受托代理记账人”不具备合法资格。
这不仅干扰了法律的严肃性，而且容易派生出许多其他问题。
3、在代理记账法律关系中，因为受托人的法律地位问题，应该说一直没有得到彻底的解决，所以实践中争议很大。
4、代理记账机构潜力未充分发挥。
代理记账机构数量扔在不断增加，但是整体规模普遍较小，代理业务的范围不宽。
真正能够提供受托单位会计核算、税收筹划、纳税申报、内部审计、工商税务注册年检、财税咨询等全方位的会计服务的机构很少。
5、代理记账机构设立不规范。
代理记账机构必须有3名或以上的持有会计从业资格证书的专职从业人员，而且主管代理记账业务的负责人必须具有会计师以上专业技术职称资格。
但是实际执行中，相当部分的代理记账机构并不符合此规定。
6、因为代理记账机构内部管理混乱。
实际执行中代理记账操作不规范、内部的管理制度不健全也是现象十分的普遍，所以部分代理记账机构的内部管理制度即使制定也是形同虚设。
7、代理记账机构执业质量不乐观。
会计核算等方面尚存在许多不规范之处，一些会计核算并未能以权责发生制为基础，对所代理的公司未按《公司法》计提法定公积金、法定公益金的现象也较普遍，代理编制的年度制财务会计报告都只有基本会计报表，均未按照制度规定要求的提供会计报表附注的内容等。
8、是代理记账业务收费标准混乱。
在收费标准这方面，各家的代理记账机构水平悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过底价从而进行不正当竞争，还有部分的代理记账机构自身的经营收入核算不正规，甚至隐瞒收入现象也较常见。