无论是消毒柜还是其他厨房设备，都有它自身的工作原理，消毒柜的消毒原理可以概括为下面两点。
1. 紫外线消毒柜的原理
紫外线消毒柜的灭菌原理是经过紫外线对细菌、病毒等微生物的照射，以损坏其机体内 DNA的结构，损失其繁衍才能。 DNA 对波长 253.7nm 的紫外线吸收强。紫外线的灭菌作用与其照射强度和总的照射量有关，一般可达杀灭率≥ 99 %。
2. 高温消毒柜原理
高温消毒是通过把温度加热到100 ℃，并保持15分钟以上，从而达到杀菌的目的，这种高温杀菌主要包括了:细菌、病毒在内的微生物机体。高温消毒柜一般是采用远红外线加热方式，电热元件通过加热空气或产生辐射热，器具受高温持续作用一段时间后，其表面的细菌、病毒等微生物机体蛋白质组织变形，从而被杀灭。
高温消毒柜的分类：高温消毒柜一般分为一星级消毒柜和二星级消毒柜。其区分的依据，就在与他们的杀菌效果的不同，一般一星级消毒柜要求消毒柜内温度达 100 ℃以上，可损失大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等细菌繁衍才能，杀灭率达 99.9 %。
二星级消毒柜要求消毒柜内温度达 120 ℃以上，除可损失一星消毒柜能的细菌外，还可损失其他病毒和脊髓灰质炎病毒等病毒，损失率达 99.9 %。但对无机化学毒物及少数特殊的生物病毒则不起作用了。
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