企业的制造加工方式，主要可以分为按定单制造加工、按库存制造加工或上述两者的组合。从制造加工类型上考虑，则可以分为批量制造加工和单件小批制造加工。从产品类型和制造加工工艺组织方式上，企业的行业类型可分为流程制造加工行业和离散制造行业。
MES是智能工厂的核心，适用于流程制造加工行业和离散制造行业，将前端产品设计、工艺定义阶段的产品数据管理与后端制造阶段的制造加工数据管理融合，实现产品设计、制造加工过程、维修服务闭环协同全生命周期管理。
目前，MES关键技术的发展都己至相当成熟的地步，要开发一个MES就制作技术而言,并不是问题，困难的是如何订出系统功能规格，及如何成功地使用MES以发挥它的功能。 所遇到的困难大致可分为下列几项：
（1）工厂本身尚未有完整的制度，人员流动性大，组织变更也大，前者定的规格，制作完成后，变更负责人员，其规格也随之改变。
（2）MES在国内研发才刚起步，各制造业尚缺乏成功的范例，也缺少专业的实施公司，对其没有正确的观念与认识，推行信心及决心不够。
（3）工厂性质多属少量多样，订单式制造加工型态，制造加工现场多混乱，经常有例外状况，作业上较难配合。
（4）要达到实时精确的监控管理功能，须现场作业人员充份的配合，一般而言，作业人员忙于制造加工，较难要求其确实输入数据。而一般MIS或ERP系统多是on-line批次作业，而非 Real-time 作业，执行上较具弹性。
（5） MES 现场第一线管理者（如组长）可能难以正确理解MES导入的意义，反而因透明化使权力有被剥夺的感觉。
（6）一般人习惯于用笔记录，较不习惯Paperless 电子化作业。
（7）因MES 强调 real-time数据收集、监督及控制较诸一般数据处理的应用系统，其技术难度较高，须有专业计算机系统技术经验者才足以胜任。对使用者而言，此系统包含现场实时作业的软件、硬件，维护上也较困难些。
在没有实施MES之前，公司ERP系统与制造加工现场之间透过人为方式沟通，使制造加工现场如同黑箱作业，无法掌握实时正确信息。而导入MES之后除了提供现场信息流自动化之外，它扮演承上启下的功能。不难看出：MRP（Manufacturing Resource Planning）或ERP（Enterprise Resource Planning）系统之间的互动关系，一个是上层的规划系统（Planning），一个是下层实际的执行系统（Execution）。
所谓的MES其实就是能了解工厂的实时动态和制造加工的黑箱作业等，使自己的工厂真正达到现代化的数码车间。