传统的发酵、那么传统发酵(露天)达到腐熟的时间常需1～3个月，其周围恶臭难闻，蚊、蝇大量滋生，环境污染十分严重。国内外的研究出用发酵剂快速发酵表明，向鸡粪中添加特定的微生物菌群，能有效促进有机物降解，加速鸡粪腐熟速度，同时有利于消除致臭物质，减轻对环境的污染。
发酵鸡粪的微生物菌剂中起关键作用的主要微生物有细菌、丝状真菌、酵母菌、放线菌等，包括纤维分解菌、蛋白分解菌、酵母菌、光合细菌、乳酸菌、除臭菌等多种有益微生物。这些菌群在生长中产生的代谢物质相互利用。在鸡粪堆制发酵过程中微生物菌群以辅料为载体与鸡粪组成复杂而稳定的微生态系统，能够快速使鸡粪发酵制成肥料或饲料。
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一、快速启动发酵。一般在夏季，经微生物发酵剂处理的鸡粪堆肥达到无害化指标的堆制时间一般为20天左右，而自然发酵达到这一指标时间常需60天左右。主要是因为微生物的生长繁殖，使物料中物质发酵降解，缩短堆肥达到高温阶段的时间，并延长高温期。而在冬季尤其是北方，由于气温太低，难以启动发酵，可以在鸡粪中添加发酵剂微生物，便可快速启动鸡粪发酵。
二、消灭病原微生物。在微生物菌剂处理鸡粪的过程中，温度可达65℃～70℃甚至更高，高温不仅使鸡粪等物料快速腐熟，而更重要的是能有效地杀灭其中病原微生物或病毒，其中50℃～70℃的堆温，持续6～7天，对虫卵和病原菌。即可达到很好的致死效果，如禽流感病毒，60℃～70℃高温数分钟便可致其死亡。