土壤表面看似平静无奇，实则内部存在一套不停运转，保持稳定状态的生态系统，当有外来物质进入土壤时，系统会通过各种作用尽量保持自身的稳定性，这就是土壤的自净作用，在进行污染土修复工程时，如何将土壤的自净作用加以利用，是值得探讨的问题。
目前已知的土壤自净包括物理、化学、生物作用，当有污染物进入土壤时，土壤在自身矿物质、有机物质、微生物等作用下，经过一系列物理、化学、生物反应，降低污染物浓度或改变其形态，尽量令其对自身的危害降到好低，下*体来介绍一下这三种作用。
土壤物理自净
主要指依靠阳光、温度、湿度、风力等资源使污染物自然挥发扩散，从而起到毒性降低的作用。
土壤化学自净
主要指各种化学反应，例如氧化还原、酸碱中和、凝聚沉淀作用等，利用土壤中的水分进行水解、分解化合反应等，另外利用太阳光中辐射能和紫外线等引起的光化学降解作用等。
土壤生物自净
土壤中存在大量具有氧化分解有机物能力的微生物，主要是一些细菌、真菌、放线菌等。有机污染物在这些土壤微生物作用下，被逐步无机化或腐殖质化，有机物腐殖质化后形成的腐殖质，不但无害，还可向植物提供养料，改善土壤物理性质，促进微生物活动。
土壤虽然自身具有自净能力，但必经是有限的，当污染物数量、浓度或者污染速度超出了土壤自身净化能力时，生态系统平衡就会被破坏，逐渐使土壤失去正常功能，质量下降，这种情况下就需要进行修复治理来恢复土壤活性了。土壤自净作用是缓慢的也是有限度的，所以我们更应当合理开发使用土壤，保护土壤环境，守护土壤健康就是守护人类自身的健康。